Les parcs nationaux, domaines de chasse et réserves de faune y compris les autres aires protégées apparentées présentent une diversité d’écosystèmes qui sont :
• l’habitat côtier avec les mangroves ;
• les forets de basse altitude ;
• les forets de montagne ;
• les savanes du plateau de l’Uélé ;
• les savanes de hauts plateaux du Katanga entrecoupées de forets à Miombo ;
• les neiges éternelles du Mont Ruwenzori ; et
• les écotones variés.
Cette diversité d’habitats et d’écosystèmes confère la variété génétique des ressources vivantes qui est à la base de la diversité biologique et qui justifie la création des aires protégées pour la conservation de ces variétés génétiques. Ces habitats sont regroupés en deux types principaux, à savoir : les écosystèmes terrestres et les écosystèmes aquatiques et ont une large distribution à travers tous les sites. Ils représentent globalement les divers milieux biophysiques et biologiques qui constituent le scandale géologique, pédologique et écologique du patrimoine naturel couvrant les étendues de la République Démocratique du Congo. Ce sont des témoins de l’évolution naturelle et de l’emprise des pressions anthropiques.
Il existe une variété d’écosystèmes terrestres parmi lesquelles on distingue les écosystèmes de montagne et de plaine. Suivant leur localisation géographique à différentes altitudes, et sous une grande variabilité du climat, ces écosystèmes abritent également une variété de sols et de formations végétales. On trouve notamment les forêts tropicales, humides, les formations alpines ; les forêts sclérophylles, les forêts des mangroves à palétuviers ; les forêts des Miombo, les forêts marécageuses, les forêts mixtes, les riveraines des plaines inondées, etc. Les savanes sont représentées par les savanes herbeuses, les savanes boisées et les savanes arbustives.